Update run instructions and ignore rules

.gitignore

@@ -1,6 +1,10 @@
 # Large local datasets
 data_adc_databaza/
 
+# Thesis text (LaTeX) is kept outside this repository
+ZAVERECNA_PRACA/
+ZAVERECNA_PRACA*.zip
+
 # External LightRAG checkout and generated RAG storage
 lightrag/
 
@@ -8,9 +12,17 @@ lightrag/
 pil.html
 detail-product.html
 
-# Generated graph artifacts
+# Generated graph artifacts (large, rebuilt by the scripts)
 *.graphml
-outputs/
+outputs/*
+# ...except the evaluation results reported in the thesis
+!outputs/evaluation_pilot/
+!outputs/evaluation_pilot_fixed/
+!outputs/ragas_pilot/
+!outputs/evaluation_audit/
+!outputs/validation_summary.json
+!outputs/test_results.txt
+!outputs/ragas_tests.txt
 
 # Logs
 *.log
@@ -31,3 +43,9 @@ env/
 Thumbs.db
 .idea/
 .vscode/
+
+# Local virtual environment for RAGAS
+.venv-ragas/
+
+# Interim report document (not part of the code repository)
+Priebezna_sprava_diplomova_praca.docx

RUN_INSTRUCTION.md

@@ -299,3 +299,14 @@ check:
 ```powershell
 python checkpoint_02_ingest/load_leaflets.py --status
 ```
+
+
+## Aktualizácia vyhodnotenia 17. 10. 2026
+
+Aktuálne overený graf je v lightrag/rag_storage_qwen36/ a obsahuje 1 500 spracovaných dokumentov. Pôvodné sekcie vyššie môžu opisovať staršie experimenty. Pri zmene embeddingového modelu alebo deduplikácie sa existujúce vektory nesmú miešať s novými bez prestavby indexu.
+
+Spustenie: python start_servers.py, potom python -m streamlit run demo/app.py.
+
+Z koreňa projektu spustite testy: python -m unittest discover -s tests -v.
+
+Podrobný protokol, obmedzenia a príkazy sú v [evaluation/README.md](evaluation/README.md). Pilotné odpovede, skutočné zdroje a parametre sú v outputs/evaluation_pilot_fixed/. Kód rozpoznávania a limity kontextu zdieľajú demo, CLI a hodnotiaci skript v pharmacy_agent.py.